SMA Sedes Sapientiae Bedono yang didirikan pada tahun pelajaran 1989/1990 merupakan pengambilalihan SMA Sanjaya Bedono (di bawah Yayasan Sanjaya) kepada Yayasan Marsudirini Pusat (sekarang Yayasan Marsudirini). Sekolah ini berlokasi di Desa Bedono, Kec. Jambu, Kabupaten Semarang tepatnya di Jalan Raya Semarang - Magelang Km. 48.

Tahun 1994 mulai dibuka asrama baik untuk putra maupun putri karena sebagai panti pendidikan, sekolah tergerak untuk membantu kaum muda dalam menghadapi tantangan, desakan dan godaan yang dialami lewat dunianya, dan menjawab bagaimana kaum muda yang berwawasan kepribadian dan berintegritas tinggi yang akhirnya bermuara pada peningkatan mutu sekolah. Pembangunan asrama dilakukan dengan 2 tahap yakni tahun 1995 (kini digunakan untuk asrama putera) dan tahun 2009 unit gedung asrama baru di atas tanah seluas kurang lebih 3000 meter persegi yang letaknya hanya 25 m dari kompleks persekolahan. Pada tahun yang sama, mulai bulan Juni 2009 sekolah juga merenovasi gedung untuk pengembangan infrastruktur sebagai implementasi Sekolah Kategori Mandiri (Sekolah Standar Nasional).

Setelah diadakan uji coba dan evaluasi pelaksanaan moving class pada tahun pelajaran 2009/2010 akhirnya mulai tahun pelajaran 2010/2011 pelaksanaan moving class dilaksanakan secara tetap. Dengan tambahan unit multimedia, perpustakaan digital, E-learning, hot spot area, akan memberikan kemudahan akses informasi kepada siswa dan menjadi tempat yang nyaman untuk menimba ilmu.

Sekolah bangga dalam memberikan pendidikan serba seimbang dengan penekanan kuat pada pengembangan karakter berdasarkan nilai-nilai moral yang baik, yang berpuncak pada keunggulan akademik dengan standar disiplin tinggi. Pengembangan karakter siswa diberikan melalui media ekstrakurikuler dan klub, di antaranya : basket, voley, sepak bola, musik, paduan suara, public speaking. Kegiatan-kegiatan : outbond, live in, retret merupakan sarana pelatihan-pelatihan hidup dalam bentuk game maupun realitas hidup.

Dengan setulus hati, sekolah bersyukur kepada Tuhan atas tahapan pembangunan baik pembangunan fisik dan strukturisasi substansi pendidikan. Saat ini tidak kurang 70% siswa SMA Sedes Sapientiae tinggal di asrama. Sekolah ini merupakan salah satu sekolah swasta katolik berasrama yang paling dicari. Setiap tahunnya tidak sedikit calon siswa yang mendaftar namun belum dapat bergabung dengan sekolah ini karena kekurangan tempat dan faktor kriteria penerimaan.

Lebih dari 20 tahun SMA Sedes Sapientiae Bedono berdedikasi, berkarya, berkreasi, berinovasi, dan berprestasi dalam berperan mencerdaskan anak bangsa dengan pendidikan yang berkualitas. Deretan inovasi dalam pendidikan telah memperoleh hasil yang nyata dalam kehidupan siswa. Kepercayaan masyarakat dan pemerintah terhadap SMA Sedes Sapientiae Bedono menginspirasi sekolah ini untuk menyediakan program layanan pendidikan berkualitas tinggi serta memberikan pelayanan yang terbaik sebagai sarana untuk mencapai masa depan yang cerah, mewujudkan Sedes Sapientiae menjadi High School of Choice.